La persecución contra de las organizaciones religiosas en Nicaragua por parte de la dictadura ha llevado al cierre de más de 300 organizaciones de esta índole, a las incluso han sido expropiadas.
Con argumentos legales propios del régimen, Daniel Ortega y su vicepresidenta, Rosario Murillo, ordenaron clausurar 377 organizaciones religiosas entre el 2022 y los primeros meses de este año.
La mayoría de estas asociaciones sin fines de lucro eran católicas. Todos los cierres han sido ejecutados por el Ministerio de Gobernación, que abre expedientes por no cumplir con las normativas estatales, generando de esta manera el retiro de personerías jurídicas que les habilita a ejercer sus funciones en el país.
Esta medida es parte del reajuste que realiza la dictadura para presionar a la oposición o las instituciones que no sean partidarias de sus actos; además de crear una dependencia exclusiva de la sociedad ante el Estado, aunque este no tenga las condiciones necesarias para atender programas humanitarios como los que realizaban estas organizaciones no gubernamentales.
Las asociaciones que han sido víctimas de la dictadura, tenían universidades como la Juan Pablo Segundo, que era administrada por la Conferencia Episcopal de Nicaragua, congregaciones religiosas católicas y algunas evangélicas, que aportaban a desarrollar programas humanitarios con las poblaciones más vulnerables de este país centroamericano.
Respecto a las evangélicas, son las que nunca tomaron una postura a favor de la dictadura, lo cual les costó el cierre y la cancelación de sus permisos para seguir operando como instituciones religiosas.
Desde el 2018 hasta mayo de 2023, la dictadura ha ordenado al Ministerio de Gobernación cerrar 3,553 instituciones. A esto se suman las organizaciones que la dictadura ha ahogado y que han tenido que pedir su dimisión propia del sistema de registro nacional, por no contar con los recursos económicos para funcionar en las que contabilizan 45 ONG, que equivale al 95% de disoluciones voluntarias, todo esto solo el presente año.
Esto ha sido acompañado con el encarcelamiento de religiosos, todos católicos, como el del obispo Rolando José Álvarez,
La mayoría de organizaciones religiosas humanitarias cerradas son de la iglesia evangélica, que incluyen además, ministerios de origen nacional e internacional, en las que destacan: Awana international, la Asociación Ministerio Internacional Manantiales de Vida, la Asociación Concilio de Iglesias de Cristo Misionera, Missions of Hope, la Asociación Iglesia Evangélica del Séptimo Día, más otras.